MALBIO

Mathématiques et Algorithmique pour l’étude de la Biodiversité

Animateur : Eric COISSAC

Le thème de recherche MALBIO développe de nouvelles approches mathématiques, statistiques et informatiques pour analyser les données de séquences NGS dans le contexte de la recherche en écologie.

L’arrivée des nouvelles méthodes de séquençage haut débit demande d’investir de nouveaux efforts de recherche dans l’analyse de séquences d’ADN du fait du volume de données produites qui défie les algorithmes classiques et augmente les champ d’application du séquençage ADN. Le LECA offre un environnement idéal au développement d’algorithmes liés à l’évaluation de la biodiversité intra- et inter- spécifique.

Trois grands axes sont développés au sein du groupe:

  1. Le développement d’algorithmes pour le Metabarcoding ADN.
  2. Le développement d’algorithmes pour l’analyse des séquences génomiques à faible couverture (genome skimming)
  3. Le développement d’algorithmes pour analyser le séquençage individuel de génomes complet

Methods: clustering algorithms, supervised classifications, assembling algorithms, k-mer statistics, graph theory, statistical inferences.

Qui est impliqué ?

Chercheurs / enseignants :

– Florian BOUCHER
– Eric COISSAC
– Christelle GONINDARD

Personnels techniques :

– Frédéric BOYER

 

Quels sont les projets en cours ?

Projects
248