Les recherches menées au LECA visent à répondre aux enjeux cruciaux liés aux changements globaux, à la perte de biodiversité et à la pollution chronique. Nos compétences sont centrées sur l’écologie, l’environnement et l’évolution. En accord avec la définition même de la biodiversité, nos échelles d’étude vont des (populations de) gènes jusqu’aux écosystèmes et aux paysages, en incluant les processus agissant à chaque échelle. Notre originalité provient du système modèle sur lequel nous nous focalisons : les montagnes. Ce choix a été fait pour des raisons de cohérence territoriale, mais surtout car ces environnements et les espèces qui y habitent sont particulièrement sensibles et vulnérables aux changements environnementaux globaux. Nous sommes l’un des rares laboratoires en France à travailler sur ces milieux. Nous nous basons sur l’observation (à court et long terme), l’expérimentation et la modélisation. Nos travaux nous permettent de développer des modèles prédisant la réponse de la biodiversité aux changements. Nous les appliquons pour résoudre des questions sociétales en lien avec l’évaluation des services rendus par les écosystèmes, la gestion de l’environnement, la conservation de la biodiversité.
Le plateau AEEM regroupe deux entités. La partie "Analyses Environnementales" permet de caractériser les propriétés physiques, chimiques et les activités biologiques de différents milieux ou matrices. La partie "Écologie Moléculaire" met les techniques de caractérisation de l’ADN (diversité génétique intra- et inter-spécifique) à la disposition des chercheurs en écologie.
Méthodes :
AE : analyseurs élémentaire (C/N) et photométrique automatisé (nitrate/ammonium/nitrite/calcium/chlorure/orthophosphate), four à moufle, pH-mètre, broyeurs, balances de précision, bain à ultra-son, étuves, scanner de racines
EM : marquage moléculaire (diversité génétique intra- et inter-spécifique) ADN environnemental par metabarcoding (sols, sédiments, eau, fèces)
Ce plateau mutualisé avec le CARRTEL, le LIBM et l’EDYTEM apporte un soutien aux activités de recherche des laboratoires membres pour les techniques d’analyse de biologie moléculaire.
Méthodes : extraction d’ADN rare et/ou ancien, PCR classique et à gradient, qPCR, électrophorèses acides nucléiques et protéines (western-blot…)
Ce plateau technique permet l’acquisition de données physicochimiques (sur sols, lessivats, litières, végétaux) dans le cadre de l’analyse environnementale de la réponse fonctionnelle des végétaux à la pression d’herbivorie et de ses conséquences sur les sols et les cycles biogéochimiques
Méthodes : extraction de métabolites à partir de substrats variés (broyage mécanisé ou sous azote, extraction sous reflux, Soxhlet, agitation, SPE), purification sur colonne (Sephadex) des extraits bruts, analyse chromatographique (HPLC-DAD) et colorimétrique des métabolites végétaux (spectrophotométrie UV-visible), suivi sur le terrain du métabolisme végétal (Hansatech, Dualex)
Les membres de ce plateau contribuent à la réalisation et à la mise en place de campagnes de terrain (prospection, échantillonnage, relevés botaniques...) ainsi qu’à leur suivi.
Méthodes : mesures environnementales (température, humidité, lumière, biogéochimie, biomasse, C/N, activité enzymatique, ...), capteurs de champ à haute fréquence, échantillonnage, relevés botaniques, traits fonctionnels, cartographie des écosystèmes
Les expériences réalisées sur le plateau concernent les recherches du LECA associées à l’écophysiologie et l’écotoxicologie des amphibiens en lien avec les déséquilibres écologiques (pollution, température, UV, altitude). Le plateau EXAM regroupe deux entités : une partie assurant l’hébergement des amphibiens et l’exposition des animaux et une partie destinée à l’étude des conséquences physiologiques de ces perturbations.
Méthodes : hébergement des amphibiens, exposition aux paramètres abiotiques (physiques ou chimiques), suivis des individus et populations (traits fonctionnels, sex ratio, reproduction, physiologie), désordres métaboliques (tests du métabolisme du glucose, dosage glycogène, tests ELISA, tests enzymologiques,...), histologie (coupes tissulaires, colorations classiques et spécifiques, immunomarquages,...)
Ce plateau permet l’élevage et l’expérimentation sur des insectes tropicaux en milieu confiné (normes de confinement P2). Elle inclue plusieurs insectariums indépendants pour lesquels les paramètres de température, d’hygrométrie et de photopériode peuvent être rigoureusement contrôlés.
Méthodes : élevage, bio-essais avec insecticides, expérimentations sur moustiques (physiologie, sexage, croisements, sélection et évolution expérimentale, …)
Ce plateau technique réalise des analyses sur différents supports biologiques (acides nucléiques, protéines et molécules) appliquées à l’écologie. Les modèles biologiques sont des organismes isolés (plantes, animaux, champignons, bactéries) prélevés sur le terrain ou cultivables en laboratoire.
Méthodes : biologie moléculaire (extraction/amplification/quantification ADN, séquençage Sanger...) et biochimie (extraction/purification/dosage protéines, enzymologie, fluorescence...)
Méthodes : programmation (awk, python, R, C++), SIG, télédétection, bases de données, analyse de séquences/données
This technical platform has been set up to allow ecologists to perform large-scale analysis of environmental DNA via a metabarcoding approach. DNA metabarcoding refers to high throughput DNA-based identification of multiple species from environmental DNA. The main applications consist in diet analysis from feces, in biodiversity assessment using soil or water samples, and in palaeo-environment reconstruction using lake sediments and permafrost samples.
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