Equipe MEEBIO

MEEBIO : Macroévolution, Ecologie Evolutive & dynamique de la BIOdiversité

RESPONSABLE : Sébastien LAVERGNE

L’objectif de l’équipe MEEBio est de comprendre et de reconstruire comment la biodiversité a évolué et s’est diversifiée le long des gradients environnementaux, comment sa structure spatiale a été façonnée par les changements environnementaux passés, et comment elle s’adapte actuellement aux forçages climatiques en cours et aux diverses activités humaines (ex. utilisation des terres, polluants...). Pour ce faire, les recherches menées dans notre équipe rassemblent l’étude de l’acclimatation environnementale à l’échelle des individus, l’inférence des processus microévolutifs au sein des populations naturelles, ainsi que l’étude de la spéciation, de l’évolution phénotypique et de la diversification des clades à l’échelle macroévolutive. Nous tentons d’intégrer des données et des méthodes provenant de divers domaines tels que la phylogénomique, la génomique des populations, la phylogéographie, l’épigénétique, la transcriptomique, les méthodes comparatives phylogénétiques, le métabarcoding environnemental, l’écotoxicologie expérimentale et la génomique fonctionnelle.

Diagramme décrivant les échelles et gradients d’étude de l’équipe MEEBio. Il s’agit de différents niveaux d’organisation biologique, de différentes échelles de temps et de différents gradients environnementaux. Voir texte pour plus de détails.

 
Les activités de recherche de notre équipe s’articulent autour de deux axes : celui de la biogéographie historique (Axe 1) et celui de la biologie de l’adaptation (Axe 2). Comme le montre la figure ci-dessus, nos travaux sont menés à plusieurs niveaux d’organisation biologique (des individus aux biomes entiers), à plusieurs échelles de temps (de quelques heures à plusieurs dizaines de millions d’années), et considèrent également diverses contraintes environnementales (géologie, climat, UV, polluants) comme les principaux facteurs de divergence adaptative, de diversification des espèces et de distribution de la biodiversité.

 

Qui est impliqué ?
 

Chercheurs / Professeurs (lien) :
– Jean-Marc BONNEVILLE
– Florian BOUCHER
– Eric COISSAC
– Jean-Philippe DAVID
– Laurence DESPRES
– Florent FIGON
– Christelle GONINDARD
– Matthias GRENIE

 

– Sébastien IBANEZ
– Sébastien LAVERGNE
– Jesus MAVAREZ
– François POMPANON
– Muriel RAVETON
– Stéphane REYNAUD
– Sophie SRODA
– Glenn YANNIC

 

Assistants de recherche (lien) :
– Frédéric BOYER
– Nadine CURT-GRAND-GAUDIN
– Thierry GAUDE
– Frédéric LAPORTE
– Christian MIQUEL
– Sophie PERIGON
– Delphine RIOUX
– Nathalie TISSOT
– Sylvie VEYRENC

 

Projets : (lien vers les détails des projets)
Local : Labex OSUG Refugia, IDEX Enigma, Projet Région ARA "TigerWatch", Projet ANSES TigeRisk, Labex OSUG Albodif, Projets Pôle Biodiversité Isère
National : ANR Origin-Alps, France Génomique, Subvention OFB Lagunes, ANR DivAlps, ANR Evosheep, ANR Alpalga
International : EU H2020 ZIKalliance, Vargoats initiative, Espeletia Genome Project

Institutions partenaires : Parcs Nationaux (Ecrins, Vanoise, Mercantour), Conservatoires Botaniques Nationaux (Alpin, Méditerranéen), Conservatoires Régionaux des Espaces Naturels, Réserves Nationales, Parcs Naturels Regionaux, Espaces Naturels Sensibles, Rovaltain, Agences de Démoustication, Worldwide Insecticide Resistance Network, Office Français de la Biodiversité, associations naturalistes (Gentiana, OPIE, FLAVIA), CREA Chamonix

Infrastructures de recherche associées : Centre National du Séquençage (Genoscope, Evry), Jardin du Lautaret, Zone Atelier Alpes, FREE Alpes, Genotoul (GeT) Toulouse, Institut Pasteur, EGCE Gif sur Yvette, ISEM Montpellier, CEFE Montpellier, Genscale (INRIA, Rennes), Institut Pasteur, Genphyse (INRAE, Toulouse), CAGT Toulouse, ArchéOrient Lyon, University of Amsterdam, Kew Gardens

Modèles biologiques : Nos modèles biologiques comprennent plusieurs clades de plantes alpines des régions tempérées et tropicales (Système Alpin européen, flore arctique, Andes tropicales), des plantes invasives et des plantes présentant une tolérance élevée aux polluants (Phragmites, Miscanthus, ...), mais aussi les communautés microbiennes du sol, divers groupes d’arthropodes (papillons, moustiques, collemboles), des amphibiens, des ruminants sauvages et domestiques (par exemple Rupicapra, Capra, Ovis), et certains groupes d’oiseaux. Un accent important est mis sur les systèmes insulaires continentaux tels que les biomes alpins de haute altitude (tropicaux et tempérés) ou les paysages de salines (par exemple le salar d’Uyuni).

Échelles d’étude : Toutes les échelles d’organisation biologique (organes, individus, populations, communautés, clades, biomes entiers). Multiples échelles temporelles allant de quelques heures à plusieurs dizaines de millions d’années.

Approches empiriques : Élevage et expérimentation d’insectes et d’animaux sur plusieurs générations (insectarium P2+, vivariums), cultures en serres et chambres de croissance, expérimentations de terrain, biologie moléculaire.

Types de données : Génomes complets, shotgun génomique basse couverture, séquençage ddRAD, barcoding environnemental, transcriptomique, traits phénotypiques, traits fonctionnels végétaux, données paléo-géomorphologiques et paléo-environnementales.

Approches analytiques : Phylogénomique, bioinformatique, analyses phylogénétiques comparatives, modèles stochastiques d’évolution, phylogéographie statistique, calcul bayésien approximé, scans génomiques, biogéographie historique, datation fossile.

 

Projects
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